Natura 2000 : le grand inventaire des mauvais élèves de l’Europe verte

C’est presque devenu une routine pour les juges européens : les condamnations des États membres pour manquements aux obligations de protection de la faune et de la flore pleuvent en toute saison. Le 5 mars, c’est le Portugal qui s’est fait épingler. Et chèrement. La Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) a infligé à Lisbonne 10 millions d’euros d’amende et 41 250 euros par jour d’astreintes financières jusqu’à ce que les Portugais daignent protéger convenablement leurs zones naturelles.

Les juges ont la main lourde car leur premier arrêt de 2019 n’a pas été exécuté. Sept ans de procrastination institutionnelle sur fond d’orchidées sauvages, de lynx ibériques et de lagunes côtières. Bienvenue dans le grand feuilleton judiciaire de la directive « Habitats », saga européenne où chaque chapitre offre un nouveau portrait craché de l’État membre concerné. Car le Portugal n’est pas seul, tant s’en faut. Il est même en excellente compagnie.

Le grand hamster d’Alsace toujours en danger

La directive « Habitats » est l’une des plus ambitieuses jamais pondues par l’Union européenne. Elle a créé les parcs Natura 2000, le plus grand réseau écologique du monde, censé abriter le gratin de la biodiversité européenne : 99 types d’habitats rien qu’au Portugal, 335 espèces protégées. Sur le papier, c’est magnifique. Les États membres s’autocélèbrent en grand défenseur de la nature. Dans les faits, le développement économique, les traditions de chasse, la nécessité de raccordement routiers vident peu à peu les grandes proclamations écologiques de leur substance. Et à la fin, chacun se retrouve à la barre du tribunal…

La France n’y échappe pas. Pas un seul citoyen français qui se respecte ne souhaite saccager la nature de ce si beau pays. Et pourtant, le 9 juin 2011, l’Hexagone ouvre le bal. La CJUE condamne la France pour le sort infligé au grand hamster d’Alsace — Cricetus cricetus, pelage roux et blanc, de la taille d’un cobaye, en voie de disparition dans la plaine rhénane.

Quinze ans après cet arrêt, où en est le Cricetus cricetus ? Dans les années 1960, ils étaient 4 000 à gambader. L’année 2025 n’a pas été fameuse. Le Plan national d’action en faveur du grand hamster mis en place pour la période 2019-2028 ne permet pas encore d’assurer leur viabilité à terme. Le comptage des terriers en 2025 s’est effondré : sur les 1 155 terriers dénombrés en 2024, il en reste 557. Une chute inexplicable. Le seuil de viabilité est estimé à 1 500 individus. On en est loin.

Des plages grecques aux forêts polonaises

En Grèce, c’est la tortue Caretta caretta qui se retrouve au prétoire. Ses plages de ponte dans la baie de Kyparissia, sur le Péloponnèse, ont été progressivement grignotées par le développement touristique – hôtels, routes, parasols, le bruit des scooters de mer. Athènes n’a pas protégé les sites comme elle s’y était engagée.

La tortue, qui parcourt des milliers de kilomètres pour revenir pondre là où elle est née (tous les deux ou trois ans) était gravement menacée. La CJUE a sanctionné Athènes le 10 novembre 2016. Ça n’a pas été inutile : les bénévoles de la société protectrice des tortues marines Archelon ont recensé 10 700 nids permettant l’éclosion de 490 000 nouveau-nés ayant rejoint la mer. La Caretta caretta revit.

C’est en Pologne, en 2018, que l’épisode le plus dramatique s’est joué. Le gouvernement PiS (nationaliste) de l’époque avait décidé d’exploiter massivement la forêt de Bialowieza – l’une des dernières forêts primaires d’Europe, classée Natura 2000, domaine du bison d’Europe et du pic à dos blanc. Motif officiel : contenir une épidémie de scolytes.

En réalité, il s’agissait simplement de faire du commerce avec des milliers d’arbres centenaires abattus. La Cour avait d’abord ordonné l’arrêt immédiat des coupes en référé avec une astreinte de 100 000 euros par jour, avant de condamner définitivement Varsovie. C’est l’un des rares cas où la procédure d’urgence a fonctionné à temps. L’arrêt de la Cour a forcé la Pologne à laisser le « bois mort » en place – moteur de la biodiversité, garde-manger du pic tridactyle, dont les populations se sont stabilisées.

À chacun sa bonne cause

L’Irlande et l’Allemagne, condamnées toutes deux en 2023, n’offrent pas de grand récit dramatique : Berlin n’avait pas désigné convenablement plusieurs centaines de sites, Dublin accusait des retards massifs dans la désignation de plus de 200 zones. Des lourdeurs bureaucratiques sans intention malveillante – mais résultat identique pour les espèces concernées.

Si l’on prend du recul, un tableau se dessine, avec ses nuances et ses ironies. À l’est de l’Europe, c’est la logique du rattrapage économique. Les pays qui ont rejoint l’Union dans les années 2000 ont signé toutes les directives environnementales comme condition d’adhésion, parfois sans les ressources administratives pour les appliquer, souvent avec des majorités politiques peu convaincues que la loutre d’Europe ou le muscardin méritent de freiner un projet d’autoroute.

La Bulgarie illustre une variante assez ironique. En janvier 2016, la Cour la condamne pour avoir autorisé des éoliennes dans le couloir migratoire de Kaliakra, sur la mer Noire – l’un des goulots d’étranglement les plus stratégiques d’Europe pour les oiseaux migrateurs. Sofia avait même omis d’inscrire ce corridor dans le réseau Natura 2000 avant d’y planter ses mâts. C’est l’un des rares cas où l’énergie verte se retrouve elle-même condamnée au nom de la biodiversité !

La Slovaquie, elle, fut sanctionnée en juin 2022 pour n’avoir pas protégé le grand tétras – coq de bruyère impérial des forêts boréales – contre la chasse traditionnelle. La forêt comme garde-manger ancestral : vieille querelle entre souveraineté cynégétique et droit européen.

Quand l’eau vient à manquer

Au sud, c’est le soleil qui complique tout. Le tourisme de masse, l’agriculture intensive sous serre, la spéculation immobilière côtière : la pression sur les habitats naturels y est particulièrement forte, et les administrations locales, rarement en guerre contre le développement. Entre la ponte des tortues et les dollars des touristes, le choix est vite fait pour un élu…

Si bien que la Caretta caretta et le lynx ibérique partagent le même adversaire structurel : une économie du bronzage et de la crème solaire vorace en foncier littoral ou forestier. L’Espagne le démontre avec le parc de Doñana, joyau de l’Andalousie et zone humide d’importance mondiale. En juin 2021, la Cour condamne Madrid pour avoir laissé l’aquifère qui alimente ce sanctuaire être vampirisé par des milliers de puits – dont beaucoup illégaux – au service des cultures de fraises et des besoins en eau de la station balnéaire voisine de Matalascañas.

Le résultat est documenté par les scientifiques du Conseil supérieur de la recherche scientifique (CSIC) : 59 % des grandes lagunes de Doñana sont asséchées depuis au moins 2013. Le paradoxe ibérique, c’est que l’Andalousie s’était dans le même temps portée candidate pour agrandir les périmètres irrigués. Bruxelles regardait, et la Cour a tranché.

Dans les pays d’Europe de l’ouest, la logique est différente, plus insidieuse. Les Pays-Bas, condamnés dans leur approche des dépôts d’azote sur les zones Natura 2000, illustrent le paradoxe du meilleur élève administratif de l’UE : une agriculture si intensive qu’elle empoisonne les habitats protégés par ruissellement chimique. On respecte les procédures, on remplit les dossiers, mais les prairies humides meurent quand même.

Le droit européen percute la chasse traditionnelle

Les pays nordiques, supposément vertueux, ne sont pas exempts. La Finlande fut sanctionnée, en octobre 2019, pour avoir maintenu des dérogations de chasse au loup – espèce strictement protégée – au nom de la tradition et de la protection des troupeaux. Même sort pour la Suède, en mars 2021, pour n’avoir pas évalué correctement l’impact de sa gestion forestière intensive sur les espèces d’oiseaux nichant dans les vieilles forêts de production. Même chez les meilleurs élèves de l’écologie européenne, il y a des angles morts – souvent là où la forêt est aussi une industrie.

Cet inventaire judiciaire montre que le Portugal s’inscrit dans une catégorie à part. Lisbonne a perdu le fil : 61 sites désignés sur le papier, mais sans que les décrets précisent les espèces et habitats à protéger. Sept ans après le premier arrêt, 6 décrets publiés sur les 61 attendus. Le Portugal abrite 99 types d’habitats couverts par la directive – ce qui en fait l’un des pays les plus riches en biodiversité de l’Union – et c’est précisément pour cela que la Cour a été sévère. L’enjeu est à la hauteur de la négligence.

Ce qui est nouveau dans l’arrêt du 5 mars 2026, c’est la mécanique de l’astreinte. Non pas un forfait qui s’acquitte et s’oublie, mais une peine déclenchée site par site, désactivée au fur et à mesure des mises en conformité : 750 euros par jour et par zone protégée jusqu’à ce que le décret soit publié. C’est presque pédagogique. Chaque semaine d’inaction a un prix. Le bon comportement réduit la facture.